La chiesa di S.Francesco sorge oggi là dove il Santo aveva scelto di essere sepolto, nella zona di Assisi che nel medioevo era nota come "colle dell'inferno", ovvero il luogo che in quell'epoca era destinato alle esecuzioni pubbliche. Il cantiere della Basilica di San Francesco fu aperto nel 1228 per volontà di Papa Gregorio IX e grazie all'attività di frate Elia, vicario dell' ordine scelto dallo stesso San Francesco. Furono sufficienti solo due anni per terminare la struttura architettonica della Basilica inferiore di Assisi e solo altri sei per inaugurare la Basilica superiore di San Francesco.
L'aspetto attuale della basilica di San Francesco è tuttavia il frutto di vari interventi fra cui è bene ricordare la realizzazione del campanile con cuspidi (1239), la costruzione di un portico antistante la Basilica inferiore ('400) e di un atrio in pietra ancora per il portale della Basilica inferiore (1445), l'eliminazione delle cuspidi dal campanile (1518).
L'edificio è oggi composto da due chiese sovrapposte, quella superiore ha aspetto gotico, luminoso e slanciato , quella inferiore invece, a cui si accede attraverso un portale gotico del 200, è bassa ed austera. Qui l'interno ad una navata con transetto ospita gli straordinari "affreschi allegorici" di Giotto, la "Madonna Angeli e San Francesco" e i "Cinque Santi" di Simone Martini, gli "Episodi della vita e della passione di Cristo", la "Madonna e Santi" e le "Stigmate" di Lorenzetti.
Ancora opere di Simone Martini e Giotto sono rispettivamente nella prima cappella destra con la "Vita di San Martino" e nella terza con "Santi e storie della Madonna". Nel 1818 in seguito agli scavi sotto l'altare furono riportate alla luce e, dopo attento esame ufficialmente riconosciute, le spoglia del Santo; solo due anni più tardi, per volontà del Papa Pio IX, fu avviata la costruzione della cripta in stile neoclassico nella Basilica inferiore.
L'aspetto attuale è tuttavia il frutto di un'opera di semplificazione avvenuta intorno al 1920. La chiesa superiore ad una sola navata con abside e raffinate vetrate del 1200 è affrescata con il ciclo "La vita del Santo" di Giotto realizzato fra il 1296 e il 1300, con le "Storie del Vecchio e Nuovo Testamento" della scuola del Cimabue e nel transetto, nella crociera e nell' abside con affreschi dello stesso Cimabue risalenti al 1277 oltre ad opere di altri maestri quali Cavallini e Torriti.

Orario di apertura della Basilica:
Ora solare:
Basilica Inferiore 06.00 - 18.00     Basilica Superiore 08.30 - 18.00
Ora legale
Basilica Inferiore 06.00 - 18.45     Basilica Superiore 08.30 - 18.45

Sante messe
Orario feriale 07.00/11.00/17.00 (orario legale 18.00)
Orario festivo Basilica inferiore 07.30/09.00/10.30/12.00/17.00/18.30